Năm 2026, phòng khám tư nhân nộp thuế theo một khung mới: thuế khoán và lệ phí môn bài bị bãi bỏ, hộ kinh doanh có doanh thu trên 1 tỷ đồng/năm phải tự kê khai, còn doanh nghiệp áp dụng Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp mới với mức 15–17% cho đơn vị nhỏ. Dịch vụ khám, xét nghiệm, chiếu chụp vẫn không chịu thuế GTGT, nhưng thuốc bán lẻ thì có. Bài viết tổng hợp từng loại thuế, cách tính kèm ví dụ bằng số và lịch kê khai, mỗi quy định đều dẫn văn bản gốc.
- Hộ kinh doanh, doanh thu năm từ 1 tỷ đồng trở xuống: không nộp thuế GTGT và thuế TNCN, chỉ thông báo doanh thu với cơ quan thuế chậm nhất 31/01 năm sau.
- Hộ kinh doanh, doanh thu trên 1 tỷ đồng: kê khai theo quý; thuốc bán lẻ chịu GTGT 1% trên doanh thu; TNCN tính 15% trên thu nhập, hoặc chọn 2% trên phần doanh thu dịch vụ vượt 1 tỷ (nếu doanh thu đến 3 tỷ).
- Doanh nghiệp: thuế TNDN 15% nếu doanh thu năm không quá 3 tỷ, 17% nếu đến 50 tỷ, còn lại 20%; doanh thu từ 1 tỷ trở xuống được miễn TNDN.
- Dịch vụ y tế không chịu GTGT với mọi loại hình; thuốc bán riêng chịu GTGT 5% (doanh nghiệp khấu trừ) hoặc 1% trên doanh thu (hộ kinh doanh).
- Lệ phí môn bài chấm dứt từ 01/01/2026.
Phòng khám tư nhân nộp những loại thuế nào?
Loại thuế phải nộp phụ thuộc vào hình thức đăng ký kinh doanh của phòng khám và cơ cấu doanh thu (tiền khám, dịch vụ cận lâm sàng, thuốc bán lẻ, dịch vụ thẩm mỹ).
| Loại thuế | Hộ kinh doanh | Doanh nghiệp (công ty) |
|---|---|---|
| Thuế GTGT | Chỉ khi doanh thu năm trên 1 tỷ; tính theo tỷ lệ % trên doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế | Theo phương pháp khấu trừ hoặc trực tiếp; dịch vụ y tế không chịu thuế |
| Thuế thu nhập | Thuế TNCN của chủ hộ, chỉ khi doanh thu trên 1 tỷ | Thuế TNDN 15%, 17% hoặc 20% |
| Thuế TNCN nhân viên | Phòng khám khấu trừ khi trả lương và trả thù lao cho bác sĩ, kỹ thuật viên thuê ngoài | |
| Lệ phí môn bài | Không còn thu từ 01/01/2026 | |
Luật Khám bệnh, chữa bệnh và Nghị định 96/2023/NĐ-CP quy định điều kiện cấp giấy phép hoạt động cho từng hình thức phòng khám. Nếu phòng khám chưa chắc mình được đăng ký dưới hình thức nào, nên hỏi Sở Y tế và cơ quan đăng ký kinh doanh trước khi chọn cách kê khai thuế.
Dịch vụ khám chữa bệnh có chịu thuế GTGT không?
Không. Theo khoản 10 Điều 5 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 (hiệu lực 01/07/2025), khám bệnh, chữa bệnh, phòng bệnh, phục hồi chức năng, xét nghiệm, chiếu, chụp thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Thuốc nằm trong gói dịch vụ khám chữa bệnh theo quy định của Bộ Y tế cũng không chịu thuế.
| Nguồn doanh thu | Doanh nghiệp (khấu trừ) | Hộ kinh doanh trên 1 tỷ |
|---|---|---|
| Khám, xét nghiệm, siêu âm, chụp chiếu | Không chịu thuế | Không chịu thuế |
| Thuốc bán riêng theo đơn | 5% | 1% trên doanh thu |
| Dịch vụ thẩm mỹ không nhằm mục đích chữa bệnh | Có thể thuộc diện chịu thuế; nên hỏi cơ quan thuế quản lý về thuế suất áp dụng và hạch toán riêng | |
Vì vậy phần mềm và sổ sách của phòng khám cần tách riêng doanh thu dịch vụ y tế và doanh thu thuốc. Nếu gộp chung, phòng khám có thể nộp thừa thuế cho phần dịch vụ hoặc thiếu thuế cho phần thuốc.
Phòng khám là hộ kinh doanh nộp thuế thế nào từ năm 2026?
Nghị quyết 198/2025/QH15 bãi bỏ phương pháp khoán thuế từ 01/01/2026. Hộ kinh doanh chuyển sang kê khai theo Nghị định 68/2026/NĐ-CP. Nghị định 141/2026/NĐ-CP nâng ngưỡng doanh thu từ 500 triệu lên 1 tỷ đồng/năm, áp dụng từ 01/01/2026.
Doanh thu năm từ 1 tỷ đồng trở xuống
Không phải nộp thuế GTGT và thuế TNCN. Chủ hộ chỉ thông báo doanh thu với cơ quan thuế chậm nhất ngày 31/01 năm sau. Hộ được tự nguyện dùng hóa đơn điện tử.
Doanh thu năm trên 1 tỷ đồng
- Thuế GTGT: tính theo tỷ lệ % trên doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế (khoản 2 Điều 12 Luật Thuế GTGT): phân phối hàng hóa như thuốc 1%, dịch vụ chịu thuế 5%. Doanh thu khám chữa bệnh không chịu thuế nên không tính.
- Thuế TNCN (Luật Thuế TNCN số 109/2025/QH15, áp dụng từ kỳ tính thuế 2026): mặc định tính trên thu nhập, tức doanh thu trừ chi phí có hóa đơn, chứng từ, với thuế suất 15% nếu doanh thu đến 3 tỷ, 17% nếu trên 3 tỷ đến 50 tỷ, 20% nếu trên 50 tỷ.
- Cách tính thay thế cho hộ có doanh thu đến 3 tỷ: được chọn nộp theo tỷ lệ trên phần doanh thu vượt ngưỡng: dịch vụ 2%, phân phối hàng hóa 0,5%. Đã chọn cách tính trên thu nhập thì phải giữ ổn định 2 năm.
- Kỳ khai: theo quý nếu doanh thu đến 50 tỷ (hạn nộp hồ sơ ngày cuối cùng của tháng đầu quý sau), theo tháng nếu trên 50 tỷ (hạn ngày 20 tháng sau). Quyết toán TNCN chậm nhất 31/03 năm sau.
- Hóa đơn: bắt buộc dùng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế hoặc hóa đơn khởi tạo từ máy tính tiền; hộ vừa vượt ngưỡng phải đăng ký trong 30 ngày kể từ ngày cuối cùng của kỳ tính thuế.
- Chi phí được trừ khi tính trên thu nhập phải có hóa đơn, chứng từ; khoản chi từ 5 triệu đồng trở lên phải thanh toán không dùng tiền mặt.
Ví dụ minh họa
Một phòng khám nội tổng quát đăng ký hộ kinh doanh, năm 2026 có doanh thu 2,4 tỷ đồng, gồm 1,8 tỷ tiền khám và xét nghiệm, 0,6 tỷ tiền thuốc bán lẻ. Chi phí có chứng từ hợp lệ (thuê mặt bằng, lương, thuốc nhập, vật tư) là 1,6 tỷ.
| Khoản thuế | Cách tính | Số tiền |
|---|---|---|
| GTGT tiền khám, xét nghiệm | Không chịu thuế | 0 |
| GTGT tiền thuốc | 0,6 tỷ × 1% | 6 triệu đồng |
| TNCN tính trên thu nhập | (2,4 tỷ − 1,6 tỷ) × 15% | 120 triệu đồng |
Nếu chọn cách tính theo tỷ lệ trên doanh thu, phần doanh thu vượt 1 tỷ được tính theo tỷ lệ của từng ngành (dịch vụ 2%, hàng hóa 0,5%). Cách phân bổ phần vượt ngưỡng khi phòng khám có cả dịch vụ và thuốc nên thống nhất với kế toán hoặc cơ quan thuế. Cách tính trên thu nhập có lợi khi chi phí lớn và có đủ chứng từ; cách tính theo tỷ lệ đơn giản hơn khi sổ sách chi phí chưa đầy đủ.
Số liệu chỉ để minh họa công thức, không thay thế tư vấn thuế cho trường hợp cụ thể. Cách xác định chi phí được trừ và thu nhập chịu thuế chi tiết theo Nghị định 68/2026/NĐ-CP; phòng khám nên để kế toán tính trên số liệu thật.
Phòng khám là doanh nghiệp nộp thuế TNDN bao nhiêu?
Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 (hiệu lực 01/10/2025, áp dụng từ kỳ tính thuế 2025) quy định thuế suất theo tổng doanh thu năm trước:
| Tổng doanh thu năm | Thuế suất TNDN |
|---|---|
| Từ 1 tỷ đồng trở xuống | Miễn thuế (Nghị định 141/2026/NĐ-CP, từ 01/01/2026) |
| Không quá 3 tỷ đồng | 15% |
| Trên 3 tỷ đến 50 tỷ đồng | 17% |
| Trên 50 tỷ đồng | 20% |
Mức 15% và 17% không áp dụng cho công ty con, công ty liên kết không đáp ứng điều kiện của luật. Luật cũng có ưu đãi thuế suất 10% và miễn, giảm thuế cho hoạt động xã hội hóa trong lĩnh vực y tế, nhưng chỉ áp dụng khi dự án thuộc danh mục và đáp ứng tiêu chí do Thủ tướng Chính phủ quy định. Phòng khám tư thông thường không mặc nhiên được hưởng ưu đãi này.
Phòng khám khấu trừ thuế TNCN của nhân viên, bác sĩ thuê ngoài thế nào?
- Nhân viên có hợp đồng lao động từ 3 tháng: từ kỳ tính thuế 2026 áp dụng biểu lũy tiến 5 bậc (5%, 10%, 20%, 30%, 35%) và giảm trừ gia cảnh 15,5 triệu đồng/tháng cho bản thân, 6,2 triệu đồng/tháng cho mỗi người phụ thuộc (Luật Thuế TNCN 109/2025/QH15).
- Bác sĩ, kỹ thuật viên thuê ngoài không ký hợp đồng hoặc hợp đồng dưới 3 tháng: theo Nghị định 253/2026/NĐ-CP, phòng khám khấu trừ 10% với khoản chi từ 5 triệu đồng/lần trở lên (mức cũ là 2 triệu đồng). Khoản chi trước 01/07/2026 vẫn theo ngưỡng cũ.
Lịch kê khai và nộp thuế trong năm
| Việc | Đối tượng | Hạn |
|---|---|---|
| Thông báo doanh thu năm | Hộ kinh doanh từ 1 tỷ trở xuống | 31/01 năm sau |
| Khai thuế quý | Hộ kinh doanh trên 1 tỷ đến 50 tỷ | Ngày cuối cùng của tháng đầu quý sau |
| Khai thuế tháng | Hộ kinh doanh trên 50 tỷ | Ngày 20 tháng sau |
| Quyết toán TNCN | Hộ kinh doanh; tổ chức trả thu nhập | 31/03 năm sau |
Doanh nghiệp kê khai GTGT theo tháng hoặc quý và quyết toán TNDN năm theo quy định của Luật Quản lý thuế; kế toán của phòng khám nên lập lịch riêng theo kỳ khai đã đăng ký.
Những sai sót thuế hay gặp ở phòng khám
- Gộp doanh thu khám và doanh thu thuốc, dẫn đến tính sai thuế GTGT.
- Áp dụng ngưỡng 500 triệu đồng của các bài viết cũ thay vì ngưỡng 1 tỷ đồng đang áp dụng.
- Chọn tính thuế trên thu nhập nhưng không có đủ hóa đơn, chứng từ cho chi phí, hoặc trả tiền mặt các khoản chi từ 5 triệu đồng.
- Không khấu trừ thuế khi trả thù lao cho bác sĩ thuê ngoài.
- Doanh thu vượt 1 tỷ giữa năm nhưng chưa đăng ký hóa đơn điện tử trong 30 ngày.
ezMed giúp phòng khám chuẩn bị số liệu thuế thế nào?
ezMed không tính hay nộp thuế thay kế toán, nhưng giúp có số liệu đúng ngay từ đầu:
- Tách doanh thu theo loại: báo cáo doanh thu theo ngày và theo sản phẩm cho thấy riêng tiền khám, dịch vụ cận lâm sàng, thuốc.
- Thuế suất theo từng sản phẩm: khai thuế suất cho thuốc, dịch vụ; hóa đơn điện tử (MISA meInvoice, EasyInvoice, XInvoice) tách tiền thuế GTGT theo từng dòng.
- Sổ quỹ thu chi: ghi nhận phiếu thu, phiếu chi theo loại và tài khoản ngân hàng, làm căn cứ đối chiếu chi phí.
- Công nợ nhà cung cấp: theo dõi tiền thuốc nhập và các khoản đã thanh toán.
Xem thêm bài Hóa đơn điện tử cho phòng khám năm 2026 và hướng dẫn Báo cáo doanh thu theo ngày và theo sản phẩm.
Câu hỏi thường gặp
Phòng khám doanh thu dưới 1 tỷ đồng/năm có phải nộp thuế không?
Nếu là hộ kinh doanh: không nộp thuế GTGT và TNCN, chỉ thông báo doanh thu trước 31/01 năm sau. Nếu là doanh nghiệp: được miễn thuế TNDN theo Nghị định 141/2026/NĐ-CP (trừ trường hợp công ty con, công ty liên kết không đủ điều kiện).
Còn phải nộp lệ phí môn bài không?
Không. Nghị quyết 198/2025/QH15 chấm dứt thu, nộp lệ phí môn bài từ ngày 01/01/2026. Khoản môn bài của năm 2025 trở về trước vẫn phải nộp nếu còn nợ.
Tiền xét nghiệm, siêu âm có phải xuất hóa đơn có thuế GTGT không?
Xét nghiệm, chiếu, chụp thuộc diện không chịu thuế GTGT. Hóa đơn vẫn được lập nhưng ghi dòng dịch vụ là không chịu thuế.
Thuế khoán bỏ từ khi nào?
Từ ngày 01/01/2026, theo khoản 6 Điều 10 Nghị quyết 198/2025/QH15.
Ngưỡng doanh thu chịu thuế của hộ kinh doanh là 500 triệu hay 1 tỷ?
1 tỷ đồng/năm. Nghị định 141/2026/NĐ-CP thay mức 500 triệu đồng trong Nghị định 68/2026/NĐ-CP bằng 1 tỷ đồng, áp dụng từ 01/01/2026.
Văn bản tham khảo
- Nghị quyết 198/2025/QH15: bỏ thuế khoán, chấm dứt lệ phí môn bài từ 01/01/2026.
- Nghị định 68/2026/NĐ-CP: chính sách và quản lý thuế với hộ, cá nhân kinh doanh.
- Nghị định 141/2026/NĐ-CP: nâng ngưỡng lên 1 tỷ đồng, miễn TNDN cho doanh nghiệp doanh thu từ 1 tỷ trở xuống.
- Luật số 09/2026/QH16: sửa đổi các luật thuế về ngưỡng doanh thu của hộ kinh doanh.
- Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15: dịch vụ y tế không chịu thuế (Điều 5), thuốc 5% (Điều 9), tỷ lệ % trên doanh thu (Điều 12).
- Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15: thuế suất 15%, 17%, 20% và ưu đãi xã hội hóa y tế.
- Luật Thuế TNCN số 109/2025/QH15: thuế thu nhập từ kinh doanh, biểu lũy tiến 5 bậc và giảm trừ gia cảnh, áp dụng từ kỳ tính thuế 2026.
- Nghị định 253/2026/NĐ-CP: khấu trừ 10% với thu nhập vãng lai từ 5 triệu đồng/lần.
Muốn có sẵn báo cáo doanh thu tách theo dịch vụ và thuốc để kế toán kê khai, đăng ký dùng thử ezMed miễn phí 14 ngày.
Bài viết mang tính tham khảo, cập nhật đến 01/11/2026, không thay thế tư vấn thuế. Phòng khám nên xác nhận với kế toán hoặc cơ quan thuế quản lý trước khi kê khai.
Đọc thêm: Hóa đơn điện tử cho phòng khám năm 2026 · Thu viện phí bằng mã VietQR động · Báo cáo sổ quỹ và đối soát thanh toán